No ano de 2000 à 2002 o mercado pôde contar com mais uma versão do sistema, com as melhores ferramentas de desenvolvimento e exclusividades de funções. O sistema deixou de utilizar o Banco de Dados Access e passou a usar a estrutura de Base de Dados SQL Server 7, o que garantiu ao cliente maior confiabilidade e agilidade no acesso às informações. O uso em rede tornou-se mais rápido e seguro. Para linguagem de desenvolvimento, foi utilizado o Visual Basic 6.

O Shop Control 6 ganhou mais opções de configurações, desde a tela de cadastro de clientes até a tela de vendas. Além dos produtos normais, agora o cliente podia contar com o controle de produtos com grade (roupas e sapatos), produtos com número de série, edição (revistas) e preços com duas ou três casas decimais e a grande inovação do sistema: o recurso da loja virtual, onde os dados da loja estavam sempre sincronizados com o Shop Control 6.

O layout das etiquetas passou a ser definido pelo próprio usuário, evitando o uso de sistemas paralelos e, tornando assim o Shop Control 6, o software mais completo e abrangente, sem concorrências à altura.

A equipe foi reestruturada e era composta por 3 funcionários no departamento de Suporte Técnico ao cliente, 1 no departamento comercial e 1 no setor de Desenvolvimento. A Estrutura física passou a contar com 6 linhas telefônicas.